二つの iPhone を一つの Apple ID で使用しているが、別々の Apple ID にするとどうなるか

実際にやってみればわかるのですが、iCloudからサインアウトする際に、それまで同期していた端末上のデータを残すか聞かれますので残せば、その時点のデータは利用可能です。

で、新しくサインインしたiCloudに反映します。

サブスクリプション等は場合によっては二倍になります。

>別々のApple IDにするとどうなるのでしょうか。

他人のiPhoneと同じなのでは。

>今使っているApple IDに保存されているデータは消えてしまうのでしょうか。

基本的には、当然、消えるのでは。