登録というのはどのように操作されたのでしょう?
1台目のiPhoneのApple IDの信頼できる番号のところに2台目のiPhoneの信頼できる電話番号を追加しましたか?
そのような操作(例えば、自分のApple IDに登録してる電話番号(自分のiPhoneの番号)を家内のApple IDの信頼できる番号に追加登録する、あるいはその逆など)は何度もやってますが、できなかったことはありませんけど。
またこの追加の際には、両方の電話番号にsmsでokかどうか聞いてきて両方がokでないと受け付けられませんので、両方の電話番号が使える時でないとできません。
> 2台目のApple IDで購入したアプリは、2台目のiPadで引き続き利用したく
ちょっと誤解があるように感じますが。別のApple IDで購入したアプリを別のApple IDのデバイスで使うことはできませんが。短期的には使えますが、アップデートの際には購入時のApple IDのパスワードが必要です。2つのApple IDで購入したアプリが混じってると、アップデートのたびにパスワード入力しないとアップデートできませんので、ややこしくてやってられません。
別のApple IDの信頼できる電話番号に同じ番号にすることはできますが、それは両方のApple IDを統合することではありません。信頼できる電話番号が同じというだけで、あくまでも、Apple IDは別物です。