メッセージは、(高度なデータ保護を指定してない)通常の利用でもエンドツーエンド暗号化の対象です。エンドツーエンドのリセットをしてないと、同じApple IDを設定してても、複数のデバイスで同じメッセージを確認できるとは限りません。
エンドツーエンドの暗号化とは、例えば、iPhoneでメッセージを使うと、その内容はiPhoneとicloudで暗号化された状態でやり取りされます。その時の暗号化の鍵はiPhone独自のものです。そのため、ipadでメッセージを開いても、ipadはipad独自の暗号化の鍵で暗号化されて通信しますので、iphoneでのやり取りを見ることはできません。逆も然りです。エンドツーエンドのリセットとは、同じApple IDを利用する複数のデバイスで暗号化の鍵を共通化する操作です。なので、エンドツーエンドのリセットをしてれば、iphoneのメッセージでやり取りした内容をipadでも確認できるようになります。それがあなたのおっしゃる「同期」のことでは?
元々メッセージはApple IDのサーバを介したやり取りなので、同じApple IDを利用してればどのデバイスでも内容を確認できるのは当たり前で、わざわざ「同期」とかをしてるわけではありません。
ということで、エンドツーエンドのリセットが必要と思うのですが、2番目のデバイスに同じApple IDを設定した時に最初にApple IDを設定したデバイスのパスコードとか要求されませんでしたか?その辺を間違えて登録しなかったとかじゃないですか?
Apple IDのところに確認が必要ですとか何かメッセージは出てませんか?