Logic Pro を起動すると長方形の図形のようなものが出てきて消す方法がわかりません

経験したことも聞いたこともない現象です。

その長方形の発生の切り分けが必要だと思うのですが，

Logic Proを「起動すると長方形の図形のようなものが出てきて」とお書きなので，起動していない時は全く現れず，Logic Proを終了すると消えるのですか。

載せていただいている画像はカメラで撮ったものだと思うのですが，スクリーンショットだとどんな感じなのでしょうか。

メロダインの影響だとは直観的に考えにくそうですが，試しに完全にアンインストールするとどうなりますか。

melodyneのホームページに以下の記事（Logic Proのところをクリック）がありますが，いかがでしょう。

https://www.celemony.com/ja/melodyne/editions-and-technical-matters

LogicはARA Audio Random Accessテクノロジーに対応しており、Melodyneとよりシームレスに統合します。最新バージョンのMelodyne 5を以下の構成で検証しています。

以下のOS上のLogic Pro 11.0（ARA）：

macOS 14.5（Intel）

macOS 14.5（Appleシリコン Rosetta）

Appleシリコン上のLogicにおけるARA： Melodyne 5.2はAppleシリコン・プロセッサー搭載のMac上でネイティブに動作します。ただし、Logic ProでのARA動作については、以下の点にご注意ください。

Apple Logic ProをAppleシリコン上でネイティブに実行する場合、Audio UnitプラグインはLogicのプロセス空間外で実行されます。プラグインのクラッシュ時にLogicが終了するのを防ぐため、これは実はユーザーにとって重要なメリットです。残念ながら、このAUプラグインのホスティング方法は安定性を高めるものの、ARAなどのサードパーティ製拡張機能にはまだ完全に対応していません。

こうした条件にもかかわらずARAを活用したい場合、LogicをRosettaエミュレーションレイヤーで開くことが可能です（Finderから［アプリケーション］フォルダー内でLogicを検索し、右クリックして［情報を見る］を選択し、［Rosettaを使って開く］オプションにチェックを入れます）。こうすることで、Intel Macの場合と同様にLogic内で直接プラグインを実行できるようになり、再びARAとの連携が可能となります。

Celemonyはこの件についてAppleと綿密な連携をとっており、新情報が入手でき次第ユーザーにお知らせします。

Logic ProでのMelodyneの操作に関する情報とヒントについて詳しくは、 ヘルプセンター および FAQ

というご回答から推測すると，LogicProでmelodyneを使用中のみ現れるということですね。

ちなみにmelodyneをLogic Proのプラグインとしてではなくスタンドアロンで使用してみた時，どうなるか試してみてはいかがでしょう。

そうすると，Sonomaとkz167さんがお使いのmelodyneのバージョンの互換性とか，macがAppleシリコンであればRosettaがらみが関係しているかの検証でしょうか。

結局はCelemonyのサポートに相談してみないとこれ以上はわからないかもしれませんね。