失礼致します。
PayPayの履歴では支払い失敗と表示されております。
PayPayの他に月々のスマホの支払い(まとめて支払い)も登録しており、そちらから引き落としがありました。
Apple アカウントの「お支払い方法」に、予め複数の「お支払い方法」を登録している場合、主要な「お支払い方法」に問題が有る場合や、主要な「お支払い方法」に請求残額を全額請求出来ない場合は、リストの上から下の順番で、他の「お支払い方法」への請求が試みられる仕様 ですので、何らかの理由で PayPay での支払いに問題が発生した為、キャリア決済(まとめて支払い)から支払われたのだと思います。
Apple のアプリ、コンテンツ、サブスクリプションの料金の請求の仕組み - Apple サポート (日本)
念の為、PayPay に何らかの問題が発生している可能性が有りますので、Apple アカウントに設定している「お支払い方法(PayPay)」に、エラー等が発生していないか確認 して見て下さい。
(「設定」>「自分の名前」>「お支払いと配送先」)
この場合PayPayへは入金はせず放置で問題ないのでしょうか?
Apple アカウントの「お支払い方法」に、予め複数の「お支払い方法」を登録している場合は、取り敢えず他の「お支払い方法」から支払いが行われますので、問題無いと言えば問題無いのですが、Apple アカウントに設定している「お支払い方法(PayPay)」にエラーが発生している場合や、今後も PayPay での支払いが出来ない場合は、全てキャリア決済(まとめて支払い)でのお支払いになりますので、問題が発生しているお支払い元(PayPay)に問い合わせて、問題を解決 して置く必要が有るかと思います。
入金すると二重決済になりそうで出来ておりません。
通常は二重決済になる様な事は有りませんが、万が一の時は Apple サポート(受付時間 : 午前 9 時 ~ 午後 9 時)に連絡して「ご注文番号」と事情を伝えて、返金手続きを依頼 して下さい。
サポートや修理サービスに関する Apple へのお問い合わせ - Apple サポート (日本)