「この iPad 」内で保管していたデータが急に消えた

「最近使った項目」ではなく、「最近削除した項目」にもないでしょうか。

ブラウザでiCloud.comにサインインして確認してみても見つからないでしょうか。

PDFに書き込みしたファイルが消えてしまったという話は、以前にもここで聞いたことがあります。なにかしらの不具合が隠れているのかもしれませんね。当方、ファイル自体が消えてしまった経験はありませんが、書き込んだはずの文字が消えてしまったことは一度だけ経験しています。とても便利な機能なのですが、不安定なところがあることを前提に、面倒でもファイルを別のところにも保存することを考えた方がいいかもしれません（自戒を込めて）。

もしお時間があれば、フィードバックしておくのも、今後のために有益かもしれません。

製品フィードバック - Apple（日本）

iPadの再起動は試されましたか？

何のデータでしょうか。たとえばWordのデータなら、Wordにはバージョンを保存しておく機能があって、急にアプリケーションが終了したときでも、データを復元できたりしますが（でもiPadだけで作業しているのだとしたら、iPad用のWordにその機能が搭載されているかはわかりません）。

ファイルが十数個も勝手に消えるなんて、めったに起こることではないと思いますが、iPadストレージの空き容量が極端に少ないということはありませんか。

iCloudか、MacもしくはWinでバックアップをとっていたら、それから復元するとか……

どうだろう。

泣き寝入りって、自分に瑕疵がなく責任の所在は他にあるのに我慢して諦めてしまうってことですよね。

ダメ元で全ての設定のリセットを試してみるとか。