Macに保存されているブックを選択してiPadに同期したい

ブックアプリサービスの現在の仕様において、選択的に同期する機能は備わっておりません。

仕様変更をお望みであれば、“製品フィードバック” においてAppleへ要望されることをお勧めします。

製品フィードバック - Apple（日本）

同期＝ダウンロードではないので（特定のブックをクリックするとダウンロードされます）、全部が同期（表示）されても問題はないような気がするのですが…。

特定の本だけをiPadで読みたいので、その本がすぐに見つかるようにしたいということなら、コレクションを作って、そこにiPadで読みたい本を入れておくというのはどうでしょう。

（少し気になったのですが、もしかしてiPhoneとMacを直接接続して「同期」していらっしゃいますか？　それなら、iCloudで同期することをお勧めします。上記のコメントはそのつもりで書いています。MacとiPhoneをつないで同期していた時代のことをもはや覚えていないのですが、特定のコンテンツを選んで同期できないのなら、ブックアプリのコンテンツはブックストアで購入したもののはずですから、iPadでブックストアに入って、該当するブックをダウンロードするという方法があると思います。）