iPhone SE - Safariのウイルスのポップアップメッセージについて

無視すればいいと分かっていたので左下の左矢印のボタンを押して1つ前の画面に戻ろうと思ったら、何回押してもそのポップアップの画面になっていました。

一つ前のサイトがそのポップアップを表示させるサイトに飛ばしている原因なので、戻るボタンだとループするだけです。

こういう場合は閉じるのが正解ですよ。

何度もポップアップを表示してしまった事によってiPhoneに不具合等が出る可能性はありますか？

necotaさんがおっしゃる通り問題ないです。

単なる悪意のある広告を開いただけです。

そこから進んで個人情報入力やアプリをインストールしたりしなければ大丈夫です。

失礼致します。

何度もポップアップを表示してしまった事によってiPhoneに不具合等が出る可能性はありますか？

当該のポップアップは、ユーザの危機感を煽って個人情報を搾取したり、対策と称してアプリ等をインストールさせるのが目的の偽警告であると思われますが、表示しただけなら特に問題は有りません。