バナー「互換性のないディスク」を表示しない、またはそもそも出ないようにしたい．あるいは……

「通知」の「閉じる」ボタンを押すための最小限のコードはこんな感じでしょうか。(ボタンが2つあるタイプの通知で試したので若干違うかもしれません。ダメな場合は適宜書き換えてください)

tell application "System Events"
    tell application process "NotificationCenter"
        -- set frontmost to true
        tell window 1
            click button "閉じる"
        end tell
    end tell
end tell

いくつかの機能 (通知ウインドウが出現するまで待つなど) を追加するとこんな感じ。

on run
    try
        main()
    on error errs number errn
        tell me
            activate
            display alert "Error!" message errs as critical
        end tell
    end try
end run

on main()
    set notification_title to "互換性のないディスク"
    set close_button to "閉じる"
    --
    tell application "System Events"
        tell application process "NotificationCenter"
            set n to 0
            repeat while true
                if n > 30 then error "timed out"
                set _windows_ to windows whose static text 1's value is notification_title
                if _windows_'s length > 0 then
                    set _window_ to _windows_'s item 1
                    exit repeat
                else
                    delay 1
                    set n to n + 1
                end if
            end repeat

            -- set frontmost to true

            tell _window_
                click button close_button
            end tell
        end tell
    end tell
end main

で、Automator か AppleScript でアプレットを作成し、ログイン項目に登録すると良いと思います。

# システム環境設定の「セキュリティとプライバシー > アクセシビリティ」へ登録後にアプレットを編集すると、不許可となってしまうようです。なので、アプレットを編集した際は登録し直す必要があるみたいです。(めんどくさい...)