>至極当然Yamaha AG06mk2側で調節するべき項目になると思うのですが…
確かにその可能性を考えたのですが、
「可能性」とはどういう意味でしょうか。
デジタル領域でそのままデータとして伝達して,それ以降は「Yamaha AG06mk2側に委ねられるべき項目(もっと言えば音量も含め)」であり,受け側補正が普通の考え方だと思いますが…。
オーディオインターフェース側にはバランスに関わる物理的スイッチはなく、
ソフト的にはそもそもドライバや専用アプリのインストールが不要なのでインターフェース側で調整する方法がありませんでした。
Yamaha AG06mk2のマニュアルをチラ見しましたが,おっしゃるようにパンニングの調整機能がどこにもなさそうですね。なので多少の左右のバランスなど気にしない人向けの商品のように私には思われます。逆に言えば明らかに調整が必要ならば要修理な状態ではないでしょうか。
①出力音量は引き続きmac側でも調整できるので、それならバランスも調整できる方法があるのでは?
ちなみにAudio MIDI設定でYamaha AG06mk2はどのような表示になっていますか。

内蔵出力の表示のように,独立して音調調整できるならバランス調整可能ではないでしょうか。
表示されていなかったり,グレー表示なら不可能だと思われます。
②windowsではオーディオインターフェース接続してもPC側でバランス調整ができるのでmacでもできるのでは?
と思い質問しました。
windowsのオーディオ関連は全く存じ上げないので,macでできるできないの比較は私には全くわかりません。
申し訳ないです。