アプリ内課金の場合はAppleIDでの支払い、という(おそらく)仕様になっている課金を行ったのですが、iTunesカードを使用できると勘違いしていました。
クレジットカードの登録をしていないとiTunes残高から使われないということは理解したのですが、クレジットカードを持っておらず、登録ができません。
でもFaceIDはエラーメッセージもなく通ってしまい、メールで「お支払い情報が未確認のままの場合、アカウントが一時的に制限されます」と支払い方法の認証でクレジットカード情報入力するページに飛ばされてしまいます。
課金したアプリの方ではもう課金内容(サブスクリプション)は反映されてしまっていて、利用できます。これは決済そのものをキャンセル等はできず、なんとしてでもクレジットカード情報を入力するしかありませんか？別の決済方法に変えれる方法はないのでしょうか。
＞クレジットカードの登録をしていないとiTunes残高から使われない
そんなことはないと思いますが…。
iTunesカード（現在はApple Gift Cardという名称になっています）の残高はApple Accountに表示されている（いた？）のですよね。
アプリ内課金の支払いにギフトカードの残高は使用できるので、勘違いではありません。
品川地蔵さんがおっしゃるように、メール自体が偽物なのでは…？
確実な情報は、ご自分のアカウントの購入履歴またはAppleから届く領収書メールです。
そこを確認なさいましたか？
（iTunesカードの残高で、何の問題もなく決済されているのではないでしょうか。）
ご使用のデバイスが書かれていませんが、iPhoneの場合は、「設定＞氏名＞お支払いと配送先」に「Apple Account」が表示されているかどうかもご確認ください（今回の購入で残高がゼロになった場合は、表示されないかもしれません）。
＞クレジットカードの登録をしていないとiTunes残高から使われない
そんなことはないと思いますが…。
iTunesカード（現在はApple Gift Cardという名称になっています）の残高はApple Accountに表示されている（いた？）のですよね。
アプリ内課金の支払いにギフトカードの残高は使用できるので、勘違いではありません。
品川地蔵さんがおっしゃるように、メール自体が偽物なのでは…？
確実な情報は、ご自分のアカウントの購入履歴またはAppleから届く領収書メールです。
そこを確認なさいましたか？
（iTunesカードの残高で、何の問題もなく決済されているのではないでしょうか。）
ご使用のデバイスが書かれていませんが、iPhoneの場合は、「設定＞氏名＞お支払いと配送先」に「Apple Account」が表示されているかどうかもご確認ください（今回の購入で残高がゼロになった場合は、表示されないかもしれません）。
サポートに相談しましょう。→連絡先 - お問い合わせ方法 - Apple（日本）
> メールで「お支払い情報が未確認のままの場合、アカウントが一時的に制限されます」と支払い方法の認証でクレジットカード情報入力するページに飛ばされてしまいます。
このメールが詐欺メールという可能性が高いのでは？
Appleアプリ内課金をiTunes残高と勘違いして決済
